استاد مطهري در مباحث انسان شناسي خود، براي موضوع فطرت اهميت زيادی قائل است به طوری که موضوع فطرت را امّ المعارف مي داند. ایشان فطرت را امری الهی می داند كه بر وزن فِعلَه است به معني گونه خاص از خلقت ابتدايي انسان. به عبارت ديگر اشاره به آن مرحله اي دارد كه انسان، انسان شد. زيرا هنگام خلقت انسان، خمير انسان را چهل شبانه روز سرشتند و آن را آماده كردند. در غير اين صورت خداوند مي توانست انسان را بدون آن چهل روز خلق كند و بعد از اين چهل روز است كه ماده به مرحله اي مي رسد كه مستعد مي شود تا صورت جديد خود را پيدا كند. در نهايت بايد گفت تمام امور فطري همچون دين، اخلاق، عقل، عشق بر مي‌گردد به همان مرحله خاص كه ماده داراي چنين آفرينشي شده است.( مرتضی مطهری، نقدی بر مارکسیسم، چاپ هفتم (تهران: صدرا، 1389)، ص 95) استاد، فطرت را به دو نوع تقسیم می کند یکی در ناحیه شناخت‌ها و درک ها و دریافت ها؛ فطری بودن امور مذکور به این معنی می باشد که زمانی انسان به مرحله ای از رشد برسد که بتواند این امور را تصور کند. تصدیق این ها برایش فطری است و نیازی به آموزش و استدلال برای اثبات آن ها وجود ندارد. دیگری فطرت در ناحیه خواست‌هاست که خود به دو قسم تقسیم می شود. خواست‌های جسمی: تقاضاهایی که صد در صد وابسته به جسم باشد، مثل گرسنگی 2- خواست‌های روحی، مثل برتری طلبی، تفوق خواهی و قدرت طلبی.( مطهری ، فطرت ، پیشین ، صص 57-47) استاد مطهري در ادامه بيان مي كند اصل فطرت در همه انسآن‌ها وجود دارد اما شدت و ضعف آن متفاوت است. براي مثال علاقه به علم در همه افراد وجود دارد ولي خيلي شدت و ضعف دارد زيرا برخي از افراد چنان ديوانه علم مي شوند كه همه چيز را در مقابل علم فراموش مي كنند و هيچ چيز براي آن‌ها اصالت ندارد، فقط مي خواهند بفهمند. اما برخي ديگر گر چه به تعليم عشق مي ورزند اما به آن شدت نمي باشد. بنابراين فطرت در ميان انسآن‌ها شدت و ضعف دارد و همه اين استعدادها را دارا مي باشند.( مرتضی مطهری، فلسفه تاریخ، جلد اول، چاپ هفدهم، (تهران: صدرا، 1389)، ص 159 .) نهايت این که، استاد در مورد اين موضوع كه برخي از غربی ها (مثل جان لاك) فطرت را رد مي كنند و همه معلومات انسان را اكتسابي مي دانند، می گوید: برخي معتقدند كه همه معاني و مفاهيمي كه انسان در ذهن خود دارد مستقيماً از عالم خارج وارد ذهن شده است و همه صوري كه در ذهن ما وجود دارد. يا ذهن ما خود مستقيماً آن‌ها را از خارج گرفته است يا از تجزيه، تركيب و تعميم، به آن‌ها رسيده است و ديگر غير از اين چيزي نيست. اين‌ها فكر مي كنند هر چه در عالمِ عين است در ذهن منعكس مي شود و كار ذهن فقط اين است كه خارج را در خودش منعكس كند. اما واقعيت غير از اين است زيرا در ذهن ما معاني و مفاهيمي است كه با هيچ يك از حواس ظاهری ما قابل شناخت نیست و مهم‌تر اين كه اين مفاهيم در شناخت هم تأثير دارند و علاوه بر تصورات در مورد تصديق ها هم بايد گفته شود كه همه تصديقاتی كه در ذهن ما وجود دارد مستقيماً از خارج نيامده است.( مرتضی مطهری ، شرح مبسوط منظومه ، جلد سوم ، چاپ اول ( تهران : علامه طباطبایی ، 1366 ) ، صص282- 271)